Наукова тематика інституту, що виконується на засадах доказової медицини за єдиною проблемою "Курортологія та фізіотерапія", спрямована на:
- наукове обґрунтування бальнеологічної цінності, раціонального використання та збереження природних лікувальних ресурсів;
- фундаментальні дослідження механізму дії природних лікувальних ресурсів;
- опрацювання нових медичних технологій етапної (поліклініка, санаторій) реабілітації хворих на різноманітну патологію дорослих і дітей з застосуванням фізичних чинників;
- створення та удосконалення нормативно-правової документації функціонування санаторно-курортних закладів.

За рахунок коштів державного бюджету виконуються фундаментальна та прикладні НДР.
За спеціальним фондом виконуються дослідження щодо медико-біологічної оцінки низки природних лікувальних ресурсів усіх регіонів України; обґрунтовуються терміни придатності до споживання мінеральних вод, що фасуються у ПЕТФ- та скло-пляшки, проводиться моніторинг якості фасованих мінеральних вод.